diff --git a/pkg/services/sql_split.go b/pkg/services/sql_split.go
new file mode 100644
index 0000000..988ac2c
--- /dev/null
+++ b/pkg/services/sql_split.go
@@ -0,0 +1,152 @@
+package services
+
+import "strings"
+
+// DividirSentenciasSQL parte un script en sentencias por punto y coma,
+// respetando dónde ese punto y coma NO es un separador.
+//
+// Partir con strings.Split(texto, ";") parece que funciona hasta que el script
+// trae un punto y coma dentro de un comentario o de una cadena — ahí corta una
+// sentencia al medio y produce SQL corrupto que igual se manda a ejecutar.
+//
+// Las sentencias se devuelven con sus comentarios: MySQL los acepta, y sirven
+// para que el usuario reconozca en los resultados qué se ejecutó.
+func DividirSentenciasSQL(texto string) []string {
+	var sentencias []string
+	var actual strings.Builder
+	r := []rune(texto)
+
+	agregar := func() {
+		if s := strings.TrimSpace(actual.String()); TieneSQLReal(s) {
+			sentencias = append(sentencias, s)
+		}
+		actual.Reset()
+	}
+
+	for i := 0; i < len(r); i++ {
+		c := r[i]
+		var sig rune
+		if i+1 < len(r) {
+			sig = r[i+1]
+		}
+
+		switch {
+		// Comentario de línea: -- …  o  # …
+		case (c == '-' && sig == '-') || c == '#':
+			for i < len(r) && r[i] != '\n' {
+				actual.WriteRune(r[i])
+				i++
+			}
+			if i < len(r) {
+				actual.WriteRune('\n')
+			}
+
+		// Comentario de bloque: /* … */
+		case c == '/' && sig == '*':
+			actual.WriteString("/*")
+			i += 2
+			for i < len(r) && !(r[i] == '*' && i+1 < len(r) && r[i+1] == '/') {
+				actual.WriteRune(r[i])
+				i++
+			}
+			actual.WriteString("*/")
+			i++
+
+		// Cadenas y nombres citados: ' " `
+		case c == '\'' || c == '"' || c == '`':
+			comilla := c
+			actual.WriteRune(c)
+			i++
+			for i < len(r) {
+				if r[i] == '\\' && i+1 < len(r) {
+					// Escape con barra: se copia el par entero.
+					actual.WriteRune(r[i])
+					actual.WriteRune(r[i+1])
+					i += 2
+					continue
+				}
+				if r[i] == comilla {
+					actual.WriteRune(r[i])
+					// Comilla duplicada ('') es una comilla literal, no el cierre.
+					if i+1 < len(r) && r[i+1] == comilla {
+						actual.WriteRune(r[i+1])
+						i += 2
+						continue
+					}
+					break
+				}
+				actual.WriteRune(r[i])
+				i++
+			}
+
+		case c == ';':
+			agregar()
+
+		default:
+			actual.WriteRune(c)
+		}
+	}
+	agregar()
+	return sentencias
+}
+
+// TieneSQLReal dice si al trozo le queda algo ejecutable una vez sacados los
+// comentarios. Es lo que distingue "esta sentencia viene precedida por un
+// encabezado en comentarios" de "esto es solo un comentario suelto".
+//
+// El filtro viejo descartaba todo trozo que EMPEZARA con "--", y como en un
+// script bien documentado casi todas las sentencias vienen debajo de su
+// comentario, se saltaba la mayoría del archivo sin decir nada.
+func TieneSQLReal(s string) bool {
+	limpio := quitarComentarios(s)
+	return strings.TrimSpace(limpio) != ""
+}
+
+func quitarComentarios(s string) string {
+	var out strings.Builder
+	r := []rune(s)
+	for i := 0; i < len(r); i++ {
+		c := r[i]
+		var sig rune
+		if i+1 < len(r) {
+			sig = r[i+1]
+		}
+		switch {
+		case (c == '-' && sig == '-') || c == '#':
+			for i < len(r) && r[i] != '\n' {
+				i++
+			}
+			out.WriteRune('\n')
+		case c == '/' && sig == '*':
+			i += 2
+			for i < len(r) && !(r[i] == '*' && i+1 < len(r) && r[i+1] == '/') {
+				i++
+			}
+			i++
+			out.WriteRune(' ')
+		case c == '\'' || c == '"' || c == '`':
+			// Una cadena cuenta como contenido real; se copia entera para no
+			// confundir un "--" que viva adentro con un comentario.
+			comilla := c
+			out.WriteRune(c)
+			i++
+			for i < len(r) {
+				if r[i] == '\\' && i+1 < len(r) {
+					out.WriteRune(r[i])
+					out.WriteRune(r[i+1])
+					i += 2
+					continue
+				}
+				if r[i] == comilla {
+					out.WriteRune(r[i])
+					break
+				}
+				out.WriteRune(r[i])
+				i++
+			}
+		default:
+			out.WriteRune(c)
+		}
+	}
+	return out.String()
+}
diff --git a/pkg/services/sql_split_test.go b/pkg/services/sql_split_test.go
new file mode 100644
index 0000000..85aa46c
--- /dev/null
+++ b/pkg/services/sql_split_test.go
@@ -0,0 +1,100 @@
+package services
+
+import (
+	"strings"
+	"testing"
+)
+
+// El caso real que lo destapó: un script de migración bien documentado, donde
+// cada sentencia viene debajo de su encabezado en comentarios y uno de esos
+// comentarios contiene un punto y coma.
+const scriptReal = `-- ============================================================
+-- PARAMETROS WEBMASTER
+-- ============================================================
+
+-- ----------------------------------------------------------
+-- 1. EL SUBMODULO
+-- ----------------------------------------------------------
+INSERT INTO submodulo (nombre, url) VALUES ('parametroswebmaster', 'p.php');
+
+-- 2. ACCESO
+INSERT INTO usuario_has_submodulo (submodulo_id, usuario_id)
+SELECT S.id, 1 FROM submodulo S WHERE S.nombre = 'parametroswebmaster';
+
+-- 4. COLUMNAS DE IA
+ALTER TABLE bot_tipos_config
+  ADD COLUMN IF NOT EXISTS ia_activo TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0;
+
+-- 5. VERIFICACION
+-- (cargar_menu() excluye el modulo 6 en duro; si sale 6, no aparecera)
+SELECT S.id, S.nombre FROM submodulo S WHERE S.nombre = 'parametroswebmaster';
+
+SHOW COLUMNS FROM bot_tipos_config;
+`
+
+func TestDividirSentenciasScriptReal(t *testing.T) {
+	sentencias := DividirSentenciasSQL(scriptReal)
+
+	if len(sentencias) != 5 {
+		t.Fatalf("salieron %d sentencias, esperaba 5:\n%s", len(sentencias), strings.Join(sentencias, "\n---\n"))
+	}
+
+	// Cada una tiene que terminar conteniendo su SQL, aunque venga precedida
+	// de comentarios. El parser viejo descartaba todas estas.
+	esperados := []string{"INSERT INTO submodulo", "INSERT INTO usuario_has_submodulo",
+		"ALTER TABLE bot_tipos_config", "SELECT S.id", "SHOW COLUMNS"}
+	for i, esperado := range esperados {
+		if !strings.Contains(sentencias[i], esperado) {
+			t.Errorf("sentencia %d no contiene %q:\n%s", i, esperado, sentencias[i])
+		}
+	}
+
+	// El punto y coma dentro del comentario no puede haber partido nada: si
+	// partiera, quedaría un fragmento que empieza con el resto del comentario.
+	for _, s := range sentencias {
+		if strings.HasPrefix(strings.TrimSpace(s), "si sale 6") {
+			t.Error("se partió dentro de un comentario: quedó un fragmento corrupto")
+		}
+	}
+}
+
+func TestDividirSentenciasCasosBorde(t *testing.T) {
+	casos := []struct {
+		nombre  string
+		entrada string
+		cuantas int
+	}{
+		{"punto y coma dentro de una cadena", `INSERT INTO t VALUES ('hola; chau'); SELECT 1;`, 2},
+		{"comilla escapada con barra", `INSERT INTO t VALUES ('a\'; b'); SELECT 1;`, 2},
+		{"comilla duplicada", `INSERT INTO t VALUES ('a''; b'); SELECT 1;`, 2},
+		{"comentario de bloque con punto y coma", `/* uno; dos */ SELECT 1;`, 1},
+		{"solo comentarios no es una sentencia", "-- nada que ver\n-- tampoco esto\n", 0},
+		{"sin punto y coma final", "SELECT 1", 1},
+		{"vacío", "", 0},
+		{"puntos y coma de más", "SELECT 1;;; SELECT 2;", 2},
+		{"backticks con punto y coma", "SELECT `col;raro` FROM t; SELECT 2;", 2},
+		{"almohadilla como comentario", "# comentario; con punto y coma\nSELECT 1;", 1},
+	}
+	for _, c := range casos {
+		got := DividirSentenciasSQL(c.entrada)
+		if len(got) != c.cuantas {
+			t.Errorf("%s: salieron %d, esperaba %d → %q", c.nombre, len(got), c.cuantas, got)
+		}
+	}
+}
+
+// La regresión concreta: el filtro viejo tiraba toda sentencia que empezara
+// con un comentario, que en un script documentado son casi todas.
+func TestSentenciaConEncabezadoNoSeDescarta(t *testing.T) {
+	s := "-- Crea la tabla\n-- Es re-ejecutable\nCREATE TABLE t (id INT)"
+	if !TieneSQLReal(s) {
+		t.Error("una sentencia precedida por comentarios se está descartando")
+	}
+	if TieneSQLReal("-- solo un comentario\n") {
+		t.Error("un comentario suelto no es una sentencia")
+	}
+	// Un "--" adentro de una cadena no convierte la sentencia en comentario.
+	if !TieneSQLReal(`SELECT '-- esto no es comentario'`) {
+		t.Error("un guión doble dentro de una cadena no debe ocultar la sentencia")
+	}
+}
diff --git a/resources/views/query_runner.html b/resources/views/query_runner.html
index 23ba251..4701a42 100644
--- a/resources/views/query_runner.html
+++ b/resources/views/query_runner.html
@@ -1591,12 +1591,67 @@ document.addEventListener('alpine:init', () => {
         },
 
         // ── Batch mode ──────────────────────────────────────────────
+        // Parte el script por punto y coma, respetando dónde ese punto y coma
+        // NO separa nada: dentro de un comentario o de una cadena.
+        //
+        // La versión vieja hacía split(';') y además descartaba todo trozo que
+        // empezara con '--'. En un script documentado, donde cada sentencia va
+        // debajo de su encabezado, eso se saltaba casi todo el archivo sin
+        // decir una palabra — y un punto y coma dentro de un comentario partía
+        // una sentencia al medio y mandaba el pedazo corrupto a ejecutar.
         extractSQLStatements(text) {
-            // Split by semicolons, trim whitespace, remove empty
-            return text
-                .split(';')
-                .map(s => s.trim())
-                .filter(s => s.length > 0 && !s.toUpperCase().startsWith('--') && !s.startsWith('#'));
+            const out = [];
+            let actual = '';
+            const agregar = () => {
+                const s = actual.trim();
+                if (this.tieneSQLReal(s)) out.push(s);
+                actual = '';
+            };
+
+            for (let i = 0; i < text.length; i++) {
+                const c = text[i], sig = text[i + 1];
+
+                if ((c === '-' && sig === '-') || c === '#') {
+                    while (i < text.length && text[i] !== '\n') actual += text[i++];
+                    if (i < text.length) actual += '\n';
+                    continue;
+                }
+                if (c === '/' && sig === '*') {
+                    actual += '/*'; i += 2;
+                    while (i < text.length && !(text[i] === '*' && text[i + 1] === '/')) actual += text[i++];
+                    actual += '*/'; i++;
+                    continue;
+                }
+                if (c === "'" || c === '"' || c === '`') {
+                    actual += c; i++;
+                    while (i < text.length) {
+                        if (text[i] === '\\') { actual += text[i] + (text[i + 1] || ''); i += 2; continue; }
+                        if (text[i] === c) {
+                            actual += text[i];
+                            // Comilla duplicada: es literal, no cierra la cadena.
+                            if (text[i + 1] === c) { actual += text[i + 1]; i += 2; continue; }
+                            break;
+                        }
+                        actual += text[i++];
+                    }
+                    continue;
+                }
+                if (c === ';') { agregar(); continue; }
+                actual += c;
+            }
+            agregar();
+            return out;
+        },
+
+        // ¿Al trozo le queda algo ejecutable una vez sacados los comentarios?
+        // Es lo que distingue "sentencia con encabezado" de "comentario suelto".
+        tieneSQLReal(s) {
+            const sinBloques = s.replace(/\/\*[\s\S]*?\*\//g, ' ');
+            const sinLinea = sinBloques
+                .split('\n')
+                .map(l => l.replace(/^\s*(--|#).*$/, ''))
+                .join('\n');
+            return sinLinea.trim().length > 0;
         },
 
         uploadSQLFile(event) {
@@ -1628,7 +1683,7 @@ document.addEventListener('alpine:init', () => {
             this.activeTab = 'results';
             try {
                 const formData = new FormData();
-                formData.append('conx_db_id', this.selectedConxId);
+                formData.append('conx_db_id', parseInt(this.selectedConxId) || 0);
                 formData.append('database', this.selectedDb || '');
                 sqls.forEach((sql, i) => formData.append('sqls[]', sql));
                 const res = await axios.post('/app/query-runner/run-batch', formData, {
diff --git a/rest/controllers/query_runner_controller.go b/rest/controllers/query_runner_controller.go
index dec7ff2..aff603f 100644
--- a/rest/controllers/query_runner_controller.go
+++ b/rest/controllers/query_runner_controller.go
@@ -196,26 +196,26 @@ func RunBatchQuery(c *fiber.Ctx) error {
 			defer f.Close()
 			buf := new(bytes.Buffer)
 			buf.ReadFrom(f)
-			content := buf.String()
-			// Dividir por ;
-			for _, stmt := range strings.Split(content, ";") {
-				stmt = strings.TrimSpace(stmt)
-				if stmt != "" {
-					statements = append(statements, stmt)
-				}
-			}
+			statements = append(statements, services.DividirSentenciasSQL(buf.String())...)
 		}
 	}
 
 	// 2. Si no hay archivo, leer del body JSON
 	if len(statements) == 0 {
 		var body struct {
-			ConxDbID uint     `json:"conx_db_id"`
-			Database string   `json:"database"`
-			SQLs     []string `json:"sqls"`
+			ConxDbID uint     `json:"conx_db_id" form:"conx_db_id"`
+			Database string   `json:"database" form:"database"`
+			SQLs     []string `json:"sqls" form:"sqls"`
 		}
 		if err := c.BodyParser(&body); err == nil {
-			conxDbIDStr = strconv.Itoa(int(body.ConxDbID))
+			// Solo se pisa si el body trae algo. BodyParser NO falla cuando no
+			// mapea nada —en multipart, sin la etiqueta form: no encontraba
+			// conx_db_id— y este cero borraba la conexión que el formulario sí
+			// había mandado: de ahí el "conx_db_id inválido" con la conexión
+			// bien elegida en pantalla.
+			if body.ConxDbID != 0 {
+				conxDbIDStr = strconv.Itoa(int(body.ConxDbID))
+			}
 			if body.Database != "" {
 				database = body.Database
 			}